1950 年，苏州军分区和驻苏州部队普遍建立保密委员会。军分区保密委员会由参谋长担任主任，全面负责本单位的保密管理。翌年起，军分区成立保密室，配备专职保密员，保密档案实行归口管理。各科（处）设立1 名专职内勤人员具体负责文件、档案的保管使用。为提高干部、战士的保密观念，军分区经常开展保密常识教育，要求干部战士自觉做到：不该说的机密，绝对不说；不该知道的机密，绝对不问；不该看的密件，绝对不看；不在私人通信中涉及机密事项；不在非保密本上纪录机密事项；不在不利于保密的场合谈论机密；不带机密材料游览公共场所和探亲访友；不用公用电话、明码电报、普通邮件办理机密事项。并经常组织保密检查。1957 年起，各部队保密工作进一步规范。所有部队统一印制附加“机密”字样的工作手册，建立领取登记和收缴制度。根据上级要求，明确由保密室负责对文件、档案材料进行清理和鉴定，把档案分为销毁、定期保存、永久保存等三部分，区分为党委工作记录、作战、军政训练指示、总结、典型调查报告、基本统计数字等，搜集归档立卷，规范保密档案工作。上级和军分区下发各单位的密级文件每月下发核查清单，每半年军分区组织一次文件档案的检查、核实和清退。

1963 年起，根据上级加强保密工作的指示，军分区进一步严格保密制度，对文件、档案实行规范化管理，严格文件收发及登记制度，建立每季度文件收发核对制度。

1972 年，军分区把加强文件管理列入党委工作重要内容，坚持一年大抓几次。尤其是重大节日前后，坚持进行防奸保密教育，清退核对文件。

1980 年12 月，总政治部下发《关于加强干部档案工作的意见》。军分区和驻苏州部队普遍开展对干部档案的清理工作。在清理干部档案中，对凡装有整风反右、反右倾运动材料和“文化大革命”中受审查干部材料，包括各种批判、检查，“划线站队”批注、鉴定，彻底进行清理。

1987年6月，为做好保密室、机要室工作，苏州军分区安排专项经费，对机要保密、档案、作战室和仓库等重要部位，安装“三铁一器”（铁门、铁窗、铁柜、报警器），增强保密部门的安全保卫措施。

1990 年以来，军分区坚持每年召开保密会议，组织保密宣传教育，落实保密检查制度。做到保密工作每月1小查、半年1大查、重大节假日重点查、年终全面检查。检查着重四个方面内容：（1）传真机、涉密计算机等工具的使用管理情况。查传真机是否有专人管理、是否放在有“三铁一器”（铁门、铁窗、铁柜、报警器）的保密室内；查涉密计算机是否上地方网。（2）技术安全保密防护设施的安装、配置、使用情况。查“三铁一器”是否按要求安装，是否正常使用。（3）作战方案等核心秘密以及与核心秘密有关的文件资料管理情况。（4）查核心秘密文件是否单独登记、存放。查日常涉密文件是否有专人管理，是否按制度签收、办理。日常涉密文件资料登记签收、借阅审批等制度落实情况。1996年7月，针对人武部收归军队建制后在保密工作上存在的问题，军分区分别召开保密委员会和全区保密工作会议，部署年度保密工作。军分区下发《关于进一步加强保密工作的规定》。各县市人武部把学习《中国人民解放军保密条例》、《南京军区保密工作检查标准》作为当年保密工作重要任务来抓，结合军事任务特点，开展保密教育。建立健全人武部保密委员会，指定一名参谋兼管保密检查，承办保密委员会日常工作。保密工作统一归口军事科管理，军事科统一承办秘密载体的收发注销工作。

    2001年，军分区注重加强文电资料和计算机管理，投入12万多元购置电视电话密码机、路由密码机及30多台计算机干扰器，完成机要装备的更换、请领、配发、开通、启用和使用工作。翌年，平江区人武部结合办公楼改建，购置保密设备。2003～2004年，全区共收发军地文件电报45 000余份无差错、失泄密事故。2004年，为加强保密文件资料管理，军分区司令部专门制定《涉密文件资料管理规定》，由保密室统一收发文件资料，集中分类存档和注销登记。2005年8月，预备役高炮第2师第2团专门组织力量，将所有的文件资料分类、分部门、分时间装订成册，规范保密文件资料管理。